Alguns temas mais controversos dificultam a realização de revisões sistemáticas da literatura. É o caso da redução do número de fetos em mulheres com gestações com mais do que dois bebês. Esta é situação em que o risco de parto prematuro e de sequelas nos gêmeos sobreviventes é grande e, portanto, a segurança e a saúde dos bebês está ameaçada.

Os médicos recomendam às grávidas, especialmente com mais de 35 anos, que façam exames de sangue para estimar qual é seu risco de estarem esperando um bebê com síndrome de Down: são os chamados testes de rastreamento. Quando esses testes indicam que há um "alto risco", essas gestantes podem optar por realizar a amniocentese ou a biópsia de vilo corial, que são os exames que permitem saber de fato se o bebê terá ou não a síndrome de Down.

Já é possível avaliar os efeitos das mudanças de infraestrutura cicloviária na segurança dos ciclistas.

Alguns médicos acreditam que dar antibióticos no segundo ou terceiro trimestres da gravidez para todas gestantes de forma profilática pode ser uma forma de prevenir partos prematuros. No entanto, uma revisão sistemática da Cochrane mostra que isso só traz benefícios para mulheres que têm infecção na vagina na gestação atual  e que tiveram parto prematuro anterior — e não para todas as gestantes.

Alguns países liberaram o medicamento alteplase para ser usado nas primeiras 3 ou até 4,5 horas do início de um derrame (ou acidente vascular cerebral, AVC). Isso fez com que o número de pessoas que recebe este tratamento aumentasse. A alteplase faz parte de uma classe de medicamentos chamada de "trombolíticos", ou seja, drogas que dissolvem coágulos sanguíneos que são, na maioria das vezes, a causa dos derrames. Só que essas medicações também podem causar hemorragia grave no cérebro, o que pode ser fatal.

O Fórum Nacional de Diálogos de Direito e Saúde Baseada em Evidências tem por objetivo facilitar a integração de conhecimentos válidos das Áreas da Saúde e do Direito, no sentido de racionalizar o que se chama Judicialização da Saúde.

Em algumas regiões dos Estados Unidos da América, é permitido usar canabinoides (derivados da maconha) para o tratamento das convulsões em pessoas com epilepsia. Uma revisão sistemática Cochrane encontrou somente quatro estudos clínicos sobre os canabinoides para tratar epilepsia; todos eram de baixa qualidade e eles incluíram um total de apenas 48 pacientes.Todos os participantes desses estudos continuaram a tomar seus outros remédios antiepilépticos.

Muitas vezes, a Cochrane realiza revisões de estudos científicos que mostram que, na verdade, temos pouca ou nenhuma informação confiável sobre o tratamento de uma doença. Esse é o caso da esclerose múltipla.

É urgente a realização de bons estudos sobre tratamentos para dores no pescoço, ombro e braço relacionadas ao trabalho.

A carótida é a principal artéria que fornece sangue para o cérebro, e cerca de 20% dos casos de derrame (acidente vascular cerebral, ou AVC) acontecem porque a carótida fica estreita. Os médicos corrigem esse problema com uma operação de nome esquisito: endarterectomia.